| 文献精读 | stVCR：基于生成式深度学习重构单细胞时空连续动力学 |
核心速递 : 本文突破性地提出了 stVCR 深度学习框架，巧妙融合了刚体变换对齐、不平衡最优传输与神经常微分方程，首次实现了对非配对空间转录组“快照”数据的连续时空动态（细胞状态演化、物理空间迁移与增殖凋亡）的“端到端”重构。
分类
单细胞与空间组学
| 文献精读 | 空间转录组揭示光诱导绿色组织细胞在番茄愈伤组织再生中的核心作用 |
核心速递 : 本研究首次绘制了番茄愈伤组织芽再生的空间转录组图谱，打破了愈伤组织是“均质未分化团块”的传统认知，并揭示了光信号通过诱导局部绿色组织细胞发育，进而协同糖-TOR信号通路靶向驱动相邻芽原基发生的全空间分子调控机制。 1. 论文基本信息 Title: Spatial transcript...
| 文献精读 | 实验小鼠全身分子与细胞图谱绘制及机器视觉 LABEL 算法 |
核心速递 : 本研究结合创新的全视野 Array-seq 空间组学技术与包含 5900 万细胞的庞大单细胞参考集，构建了首个哺乳动物全景式空间转录组图谱；并以此为训练基础，开发出 LABEL 机器学习管线，实现了仅依靠常规 H&E 染色图像即可进行全自动、高精度的空间转录组级细胞类型推断。 1....
| 文献精读 | 跨物种植物单细胞分析：社区挑战与共享解决方案 |
核心速递 : 本文系统梳理了植物单细胞组学在数据降噪、跨物种注释、发育轨迹与基因调控网络（GRN）、空间可视化以及大模型智能体（AI Agents）全栈编排这五大方向的底层挑战与前沿算法解法，并发布了社区级资源中心 PlantSCHub。 1. 论文基本信息 Title: Cross-Specie...
| 文献精读 | 大麦颖果发育与萌发的四维空间转录组图谱 |
核心速递 : 本文通过连续切片结合时序采样，构建了首个大麦籽粒从发育到萌发全周期的高分辨率四维（3D空间+时间）表达图谱，以亚组织级分辨率揭示了代谢、能量与激素调控中极为复杂的空间异质性与斑驳分布模式。 1. 论文基本信息 Title: A four-dimensional spatial tra...
| 文献精读 | 空间转录组学数据的分析与可视化：从技术演进到核心算法的全景剖析 |
核心速递 : 本文系统性地梳理了空间转录组学实验技术的演进路线，并深度剖析了针对海量空间数据在表达域降维聚类、空间域挖掘、空间变异基因识别以及细胞通讯网络推断等维度的核心计算生态与底层算法逻辑。 1. 论文基本信息 Title: Analysis and visualization of spat...
| 文献精读 | 水稻8大器官单细胞多组学全景图谱与功能基因发掘 |
核心速递 : 本研究首次利用单细胞多组学技术（同时解析 RNA 与 ATAC）构建了水稻8大核心器官的高精度细胞图谱，打破了以往单模态数据的局限，通过在硅计算机拟（in silico perturbation）与共表达网络分析，成功挖掘并验证了协同碳氮代谢与根系发育的关键农艺基因，为禾本科作物的发育时空轨迹...
| 文献精读 | 连续空间转录组揭示玉米叶片发育的调控转换 |
核心速递 : 本研究深度优化了植物冷冻切片与 10x Visium 空间组学流程，首次高分辨率重构了玉米茎尖分生组织（SAM）至连续发育叶片的 3D 时空基因表达图谱，通过联合单细胞反褶积与时序网络，精准锚定了控制器官发生与细胞命运决定的转录因子级联模块。 1. 论文基本信息 Title: Ser...
| 文献精读 | 单细胞多组学图谱解锁细胞奥秘：大豆与水稻的里程碑研究 |
核心速递 : 本文深入剖析了大豆与水稻的两项里程碑式单细胞多组学研究，展示了如何通过“转录组+染色质可及性+空间组学”的多模态整合，精准破译驱动复杂农艺性状与细胞命运转化的特异性基因调控网络（GRNs）。 1. 论文基本信息 Title: Single cell multi-omics atla...
| 文献精读 | 引入单细胞时空组学测序技术（Stereo-seq）重塑植物转录组图谱 |
核心速递 : Stereo-seq 技术通过结合 DNA 纳米球（DNB）原位测序与单细胞转录组学，在无需原生质体分离的情况下，实现了纳米级分辨率的植物空间转录组分析，首次在复杂植物组织中成功解析了高度相似的细胞亚型和空间发育轨迹。 1. 论文基本信息 Title: Introducing si...
| 文献精读 | 空间与单细胞组学数据的新型整合揭示特发性肺纤维化发病机制 |
核心速递 : 本研究创新性地采用“Query”和“Overlap”纯统计学算法，跨越数据模态边界，将空间转录组/蛋白质组特征与单细胞转录组无缝对齐，精准定位了特发性肺纤维化（IPF）不同空间微环境中的驱动细胞群。 1. 论文基本信息 Title: Novel Integration of Spat...
| 文献精读 | 单细胞分辨率下的水稻根系转录全景图谱 |
核心速递 : 本研究首次构建了单子叶模式植物水稻根尖的高分辨率单细胞转录组图谱，定义了全新的细胞类型特异性 Marker 基因，并揭示了单双子叶植物在根部细胞命运决定和响应环境胁迫中的进化保守性与高度特异性分化。 1. 论文基本信息 Title: Transcriptional landscape...
| 文献精读 | 玉米茎尖分生组织花期过渡的动态及细胞类型特异性转录重编程 |
核心速递： 本研究结合时序Bulk RNA-seq、单细胞转录组（scRNA-seq）及表观遗传组学技术，首次以高时空分辨率解析了玉米茎尖分生组织在花期过渡过程中的转录重编程机制，揭示了由 ZmMADS69-ZmRap2.7-ZMM4 构成的精准调控环路及核心模块的细胞空间异质性。 1. 论文基本信息 ...
| 文献精读 | 空间转录组：From pixels to cell types: a comprehensive review of computational methods for spatial transcriptomics deconvolution |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | Nicheformer：打通单细胞与空间组学壁垒的多模态基础模型 |
核心速递 : Nicheformer 是首个基于 1.1 亿海量离体单细胞与空间转录组数据联合预训练的 Transformer 基础模型，它突破性地实现了仅依靠基因表达谱就能预测细胞的空间微环境，从而将丢失的“空间上下文”重新赋予传统的单细胞测序数据。 1. 论文基本信息 Title: Niche...
| 文献精读 | 空间转录组：Defining Keypoints to Align H&E Images and Xenium DAPI-Stained Images Automatically |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Distributionally Robust Receive Combining |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Recent progress in single-cell transcriptomic studies in plants |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Harnessing Single-Cell and Spatial Transcriptomics for Crop Improvement |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Deconvolution of spatial transcriptomics data via graph contrastive learning and partial least square regression |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Chemical regulation of lignin spatial conformation for a multifunctional soft material with a novel energy dissipation mechanism |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Research Progress of Single-Cell Transcriptome Sequencing Technology in Plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：scPlantFormer: A Lightweight Foundation Model for Plant Single-Cell Omics Analysis |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：Fluorescence and Hyperspectral Sensors for Nondestructive Analysis and Prediction of Biophysical Compounds in the Green and Purple Leaves of Tradescantia Plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：A deep learning-based toolkit for 3D nuclei segmentation and quantitative analysis in cellular and tissue context |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：Advances in spatial transcriptomics and its applications in cancer research |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Optimizing deep learning-based segmentation of densely packed cells using cell surface markers |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Data normalization for addressing the challenges in the analysis of single-cell transcriptomic datasets |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 空间转录组：Spatial transcriptomics reveals segregation of tumor cell states in glioblastoma and marked immunosuppression within the perinecrotic niche |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Spatial landmark detection and tissue registration with deep learning |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：SpatialcoGCN: deconvolution and spatial information–aware simulation of spatial transcriptomics data via deep graph co-embedding |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Large Language Models and Foundation Models in Smart Agriculture: Basics, Opportunities, and Challenges |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：A multi-modal image fusion workflow incorporating MALDI imaging mass spectrometry and microscopy for the study of small pharmaceutical compounds |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Navigating the landscapes of spatial transcriptomics: How computational methods guide the way |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Challenges and perspectives in computational deconvolution of genomics data |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 单细胞标准化：scKWARN: Kernel-weighted-average robust normalization for single-cell RNA-seq data |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 空间转录组：Automatic 3D cell segmentation of fruit parenchyma tissue from X-ray micro CT images using deep learning |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：RNA Sequencing Technologies at the Single Cell Level in Plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：Resolving plant development in space and time with single-cell genomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Identification of Two Flip-Over Genes in Grass Family as Potential Signature of C4 Photosynthesis Evolution |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组学驱动植物研究新纪元 |
核心速递 : 本文系统性盘点了空间转录组（ST）技术在打破植物组织物理壁垒、实现原位单细胞类型鉴定及细胞间微环境通讯挖掘方面的重大突破，并指出了自适应植物特性的空间分割算法与多组学融合是未来的核心发力点。 1. 论文基本信息 Title: Spatial transcriptomics drive...
| 文献精读 | 空间转录组：Opportunities and challenges in the application of single-cell and spatial transcriptomics in plants |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Non−Invasive Assessment, Classification, and Prediction of Biophysical Parameters Using Reflectance Hyperspectroscopy |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 禾本科泛转录组揭示作物细胞分化模式 |
核心速递：这项研究通过整合玉米、高粱和 Setaria 的单细胞与单核转录组，构建了禾本科作物根细胞层面的 pan-transcriptome，并揭示了全基因组复制、细胞类型特异表达域扩张和基因模块迁移如何共同塑造作物细胞分化。
| 文献精读 | 植物单细胞：From single- to multi-omics: future research trends in medicinal plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：Hybrid AI model for estimating the canopy photosynthesis of eggplants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：Dissecting the spatial distribution of specialized metabolism at single-cell resolution |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Single-cell technologies: From research to application |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Applications of Artificial Intelligence in Climate-Resilient Smart-Crop Breeding |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 单细胞标准化：scGENA: A Single-Cell Gene Coexpression Network Analysis Framework for Clustering Cell Types and Revealing Biological Mechanisms |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 空间转录组：Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Organizing your space: The potential for integrating spatial transcriptomics and 3D imaging data in plants |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Deconvolution Tactics and Normalization in Renal Spatial Transcriptomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：PCMDB: a curated and comprehensive resource of plant cell markers |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Normalization by distributional resampling of high throughput single-cell RNA-sequencing data |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 植物单细胞：Single-cell transcriptome atlas of the leaf and root of rice seedlings |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：DSTG: deconvoluting spatial transcriptomics data through graph-based artificial intelligence |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Goals and approaches for each processing step for single-cell RNA sequencing data |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 植物单细胞：Present and future prospects for wheat improvement through genome editing and advanced technologies |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Non-linear Normalization for Non-UMI Single Cell RNA-Seq |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 植物单细胞：Cytokinin‐promoted secondary growth and nutrient storage in the perennial stem zone of Arabis alpina |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：Single-Cell RNA Sequencing Efficiently Predicts Transcription Factor Targets in Plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 空间转录组：A machine learning algorithm for simulating immunohistochemistry: development of SOX10 virtual IHC and evaluation on primarily melanocytic neoplasms |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Accurate and versatile 3D segmentation of plant tissues at cellular resolution |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：Implicit Neural Representations with Periodic Activation Functions |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Performance Assessment and Selection of Normalization Procedures for Single-Cell RNA-Seq |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Deep generative modeling for single-cell transcriptomics |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
机器学习与深度学习
| 文献精读 | 基于生成式模型预测扰动下的细胞形态学响应 |
核心速递 : 本研究开发了一种基于风格迁移的生成式大模型 IMPA (IMage Perturbation Autoencoder)，成功在剥离严重批次效应的基础上，通过输入未经处理的对照组图像，零样本（Zero-shot）预测出受特定化学或遗传扰动后的高内涵细胞形态变化。
| 文献精读 | DiffusionOPD：扩散模型同策略蒸馏的统一视角 |
核心速递 : 本文提出了一种创新的扩散模型多任务训练范式（DiffusionOPD），通过将单任务的独立探索与多任务的能力整合相解耦，并推导出了连续状态下具有闭式解的 KL 散度目标，有效解决了多任务强化学习中的梯度方差与跨目标冲突问题。 1. 论文基本信息 Title: DiffusionOPD...
| 文献精读 | KineticGP：用于预测叶片光合性状的计算框架 |
核心速递 : 本研究创新性地将全基因组预测（GP）与基因型特异性的 C4 光合作用动力学模型相结合，开发了 KineticGP 框架，显著提升了在已知环境条件下对未见基因型光合性状的预测准确率。 1. 论文基本信息 Title: KineticGP: A computational framewo...
| 文献精读 | NRTPredictor：基于集成学习的水稻根系单细胞转录组细胞类型鉴定 |
核心速递 : 本研究开发了一种基于集成机器学习的框架（NRTPredictor），通过结合多种特征选择算法与分类器，不仅实现了水稻根系单细胞转录组数据中细胞类型的高精度自动注释，还精准挖掘出参与苯丙烷类生物合成的关键标志基因集。 1. 论文基本信息 Title: NRTPredictor: ide...
| 文献精读 | DeepSEED：结合专家知识与深度学习的启动子侧翼序列生成框架 |
核心速递 : 本研究提出了一种整合人类专家先验知识与深度生成模型（cGAN + DenseNet-LSTM）的 AI 框架 DeepSEED，突破性地证实了顺式调控元件周围的“侧翼序列”对启动子活性的决定性作用，并实现了跨物种的高性能合成启动子从头设计。 1. 论文基本信息 Title: Deep...
| 文献精读 | BioCLIP：重塑生命之树分类范式的视觉基础大模型 |
核心速递 : 本文构建了迄今最大规模的生物图像数据集 TREEOFLIFE-10M，并提出了一种将生物学分类树（生命之树）层级结构“展平”融入多模态对比学习的视觉基础模型 BioCLIP，在未见物种的细粒度零样本分类上实现了革命性的性能飞跃。 1. 论文基本信息 Title: BioCLIP: A...
| 文献精读 | 基于第一性原理的液态神经网络：下一代电信AI架构解析 |
核心速递 : 本研究系统性地阐述了基于仿生第一性原理的液态神经网络（LNNs）架构，通过连续时间常微分方程（ODE）建模与闭式解近似，成功打破了传统深度学习在动态环境下的鲁棒性、可解释性与计算复杂度瓶颈，为下一代高度动态的网络系统提供了全新的轻量级智能基座。 1. 论文基本信息 Title: Li...
| 文献精读 | scTranslator：将单细胞转录组翻译为蛋白质组的预训练生成大模型 |
核心速递 : 借鉴自然语言处理的“翻译”逻辑与中心法则，scTranslator 通过 Transformer 架构与“Bulk到单细胞”的两阶段大规模预训练，实现了从单细胞转录组到蛋白质组的高精度零样本与少样本预测，并成功解析了基因调控网络与计算模拟扰动（In silico Perturbation）。 ...
| 文献精读 | 细胞注释双通道 |
核心速递： 提出ScInfeR，把marker set和scRNA-seq reference结合起来完成scRNA-seq、scATAC-seq和空间组学的细胞及亚型注释。
| 文献精读 | 单细胞与空间转录组数据分析中的深度学习：进展与挑战 |
核心速递：这篇综述从数据科学视角系统整理了深度学习在单细胞和空间转录组分析中的应用，并通过 21 个数据集、9 个 benchmark 和 58 个方法强调“算法选择必须服务具体任务”。
| 文献精读 | AI植物：Advancing plant biology through deep learning-powered natural language processing |
核心速递： 这篇文献讨论 AI 与植物科学结合，为多组学、表型和智能农业提供方法视角。
| 文献精读 | 基于瓶颈-去瓶颈策略与机器学习辅助通量平衡的通路进化 |
核心速递 : 本文创新性地结合“人为制造瓶颈-定向进化去瓶颈”策略与自动化生物铸造厂，并利用集成机器学习模型（ProEnsemble）优化启动子组合实现代谢通量平衡，彻底克服了多酶通路进化中的复杂上位效应，将柚皮素产量提升至破纪录的 3.65 g L-1。 1. 论文基本信息 Title: Pat...
| 文献精读 | AI植物：An Integrated Multi-Omics and Artificial Intelligence Framework for Advance Plant Phenotyping in Horticulture |
核心速递： 这篇文献讨论 AI 与植物科学结合，为多组学、表型和智能农业提供方法视角。
| 文献精读 | HOTSPOT：基于Transformer的组装质粒重叠群宿主层级预测 |
核心速递 : HOTSPOT 创新性地将宿主进化树与 Transformer 语言模型结合，通过将蛋白质聚簇转化为“词汇表”，并引入基于 MC-Dropout 的不确定性评估早停机制，极大提升了宏基因组质粒宿主预测的准确性、鲁棒性与跨分类层级的泛化能力。 1. 论文基本信息 Title: HOTS...
| 文献精读 | AI植物：A primer on artificial intelligence in plant digital phenomics: embarking on the data to insights journey |
核心速递： 这篇文献讨论 AI 与植物科学结合，为多组学、表型和智能农业提供方法视角。
生信平台与软件工程
| 文献精读 | TorchGWAS：面向数千个定量表型的 GPU 加速全基因组关联分析框架 |
核心速递 : TorchGWAS 通过将 GWAS 关联检验重构为 GPU 上的高性能矩阵运算，实现了对数万个表型的超高通量筛选，相较于传统 CPU 工具实现了最高 1700 倍的性能跨越，解决了表型组学时代的计算瓶颈。 1. 论文基本信息 Title: TorchGWAS: GPU-accele...
| 文献精读 | 定义与基准测试单细胞分析中的开放问题 |
核心速递 : 本文提出了一个名为“Open Problems”的开源、动态更新的基准测试平台，旨在通过社区驱动的标准和自动化的云原生架构，解决单细胞领域算法评估中普遍存在的偏差和碎片化问题，为各类组学数据清洗与降维分析确立了真正的“最佳实践”。 1. 论文基本信息 Title: Defining...
| 文献精读 | TraitDiscover：面向实时性状分析的自动化多模态植物表型平台 |
核心速递：TraitDiscover 将自动化运动平台、多模态传感器和 Web 分析软件整合为端到端植物表型系统，实现跨生长周期的实时性状分析和早期胁迫检测。
| 文献精读 | Plant-to-Camera 驱动的高保真植物三维形态重建 |
核心速递：这项研究提出了面向植物表型的多阶段 3D 重建管线，将 SegFormer 前景分割、标定约束稀疏重建和 CL-MVSNet 稠密重建结合起来，生成具有真实物理尺度的植物点云。
| 文献精读 | ScInfeR：面向单细胞、ATAC 与空间组学的细胞类型注释框架 |
核心速递：ScInfeR 将 reference-based annotation 与 marker-based annotation 结合起来，并扩展到 scRNA-seq、scATAC-seq 和 spatial omics，为细胞类型注释提供了一个多证据融合框架。
| 文献精读 | 细胞分割：CellSAM : Advancing Pathologic Image Cell Segmentation via Asymmetric Large‐Scale Vision Model Feature Distillation Aggregation Network |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 细胞分割：Accurate detection and instance segmentation of unstained living adherent cells in differential interference contrast images |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 细胞分割：MaxSigNet: Light learnable layer for semantic cell segmentation |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 图像配准：Unsupervised deep learning for geometric feature detection and multilevel-multimodal image registration |
核心速递： 这篇文献聚焦多模态图像或空间数据配准，核心在于建立不同成像与表达坐标之间的可靠对应。
| 文献精读 | 细胞分割：A systematic evaluation of computational methods for cell segmentation |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 细胞分割：Cyto R-CNN and CytoNuke Dataset: Towards reliable whole-cell segmentation in bright-field histological images |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 细胞分割：An evolutionary Chameleon Swarm Algorithm based network for 3D medical image segmentation |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 细胞分割：Training deep learning models for cell image segmentation with sparse annotations |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 细胞分割：Usability of deep learning pipelines for 3D nuclei identification with Stardist and Cellpose |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 细胞分割：Omnipose: a high-precision morphology-independent solution for bacterial cell segmentation |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 细胞分割：Omnipose: a high-precision morphology-independent solution for bacterial cell segmentation |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 图像配准：Deep learning-assisted co-registration of full-spectral autofluorescence lifetime microscopic images with H&E-stained histology images |
核心速递： 这篇文献聚焦多模态图像或空间数据配准，核心在于建立不同成像与表达坐标之间的可靠对应。
| 文献精读 | 细胞分割：LIVECell—A large-scale dataset for label-free live cell segmentation |
核心速递： 这篇文献关注细胞图像分割，是空间生物学和定量显微分析中从图像到细胞对象的关键步骤。
| 文献精读 | 图像配准：Comparison of feature point detectors for multimodal image registration in plant phenotyping |
核心速递： 这篇文献聚焦多模态图像或空间数据配准，核心在于建立不同成像与表达坐标之间的可靠对应。
大模型与智能体架构
| 文献精读 | 基于 STATE 模型预测多环境下的细胞扰动响应 |
核心速递 : STATE 架构通过结合在 1.67 亿单细胞观测数据上预训练的 Embedding 模型与基于集合自注意力机制的 Transition 模型，巧妙地“消化”了细胞间的生物学异质性，首次在跨数据集和未知细胞环境的单细胞扰动响应预测中，实现了对线性基线与现有深度学习模型的全面超越。
| 文献精读 | LPM 1.0：基于视频的大型角色交互式表演模型 |
核心速递 : 本文推出了首个支持全双工对话的交互式视频生成系统 LPM 1.0，通过 170 亿参数的 DiT 基础模型与流式蒸馏架构，打破了生成模型在极高表现力、实时推理与长时序身份稳定性上的“不可能三角” 。 1. 论文基本信息 Title: LPM 1.0: Video-based Char...
| 文献精读 | Tool Attention：消除Agent工作流中MCP工具税的动态门控与懒加载机制 |
核心速递 : 本文提出了一种名为“Tool Attention”的中间件机制，通过语义检索与两阶段懒加载，成功将大模型智能体调用外部工具时的“上下文税（Tools Tax）”降低了95%，彻底打破了全量加载工具描述导致的推理降级与API成本瓶颈。 1. 论文基本信息 Title: Tool Att...
| 文献精读 | ACON：优化长周期大语言模型智能体的上下文压缩 |
核心速递 : ACON 提出了一个统一的智能体上下文优化框架，利用自然语言对比反馈实现无梯度的压缩策略优化，并将此能力高效蒸馏至小参数模型，在大幅降低大模型多步推理内存与成本的同时，显著提升了长周期智能体的任务成功率。 1. 论文基本信息 Title: ACON: OPTIMIZING CONTE...
宏观综述
| 文献精读 | 档案馆回顾：小麦穗发育的分生组织转变、植物代谢反应性羰基解毒及拟南芥细胞转化 |
核心速递 : 本文通过回顾《The Plant Cell》档案馆中的三篇经典文献，系统梳理了植物发育中花序分生组织转变的多重转录网络、代谢副产物的亚细胞级解毒机制，以及早期原生质体瞬时转化在蛋白热变性研究中的先驱应用。 1. 论文基本信息 Title: From the archives: Mer...
| 文献精读 | 单细胞激光烧蚀揭示植物发育蓝图 |
核心速递 : 单细胞维度的精准机械损伤（激光烧蚀）证实了植物细胞的命运高度依赖于其空间微环境，揭示了物理张力如何通过受体转化为钙离子与激素主导的化学通讯网络，进而重塑细胞身份与组织模式。
| 文献精读 | 叶脉模式的起源与多样性：重新审视维管发育的经典认知 |
核心速递 : 叶脉模式的多样性远超传统“单子叶平行/双子叶网状”的二元分类，这种复杂性可能源于统一的维管生发算法在不同器官生长模式下的拓扑形变；同时，传统基于细胞形态学鉴定“原形成层细胞”的标准存在高度的主观性和跨物种不一致性。 1. 论文基本信息 Title: Origin and divers...
| 文献精读 | 基于光保护策略在波动光照下提升作物产量的研究进展 |
核心速递 : 本研究系统揭示了光保护机制（特别是 NPQ 及其弛豫动力学）在真实农田波动光照环境中对作物光合效率的巨大损耗，并前瞻性地总结了通过基因工程改造 NPQ 核心蛋白与引入替代电子流（FLV）以跨越这一“效率鸿沟”的最新突破与物种特异性挑战。 1. 论文基本信息 Title: Photo...
| 文献精读 | 利用SPL基因改良适合高密度种植的玉米株型 |
核心速递 : 本综述系统解析了玉米中由 miR156-SPL 模块与光敏色素（Phytochrome）信号通路共同介导的株型调控网络，为选育耐密植、抗倒伏的高产玉米新株型提供了关键的遗传学靶点与分子机制见解。 1. 论文基本信息 Title: Exploiting SPL genes to imp...
| 文献精读 | 破解植物基因组的遗传冗余：科研与育种的新视角 |
核心速递 : 本文系统梳理了植物基因组中广泛存在的遗传冗余现象，并提出通过结合机器学习预测模型与多靶点 CRISPR 基因组编辑库，大规模攻克基因功能掩蔽难题，为现代植物功能基因组学和复杂性状改良提供了全新的解题范式。 1. 论文基本信息 Title: Navigating genetic red...
| 文献精读 | 水稻基因组编辑：迈向气候适应型与营养丰富的丰产 |
核心速递 : 本综述系统梳理了 2020 年以来水稻基因编辑领域的革命性突破，特别是碱基编辑（BE）、先导编辑（PE）和多重编辑技术如何跨越传统育种的瓶颈，实现从基因敲除到精准序列替换的飞跃，为培育高产、抗逆且高营养价值的未来作物提供了全景式技术蓝图。 1. 论文基本信息 Title: Genom...
| 文献精读 | 田间作物表型的旅程：从性状采集到表型驱动作物性能预测 |
核心速递：这篇综述把田间作物表型的发展概括为从“收集性状”到“构建预测”的转变，强调未来表型组学的价值在于解释和预测作物在动态环境中的表现。
| 文献精读 | 植物单细胞转录组研究的进展与生物技术前景 |
核心速递：这篇综述梳理了植物单细胞转录组技术从细胞图谱构建到空间组学整合的发展脉络，并强调其在植物发育解析、胁迫响应研究和作物生物技术中的潜在价值。
| 文献精读 | 植物RuBisCO研究进展与遗传改造策略 |
核心速递 : 本文系统梳理了光合作用核心限速酶 RuBisCO 的折叠组装复杂性与环境响应机制，并全面剖析了通过异源重组、伴侣蛋白协同与基因编辑技术突破“低效碳同化”瓶颈的前沿生物工程策略。
| 文献精读 | 植物单细胞与空间转录组学应用中的机遇与挑战 |
核心速递 : 本综述系统比较了植物原生质体与单核转录组测序的技术优劣，深入剖析了植物组织解离的偏好性陷阱，并创造性地提出了将单细胞转录组、空间转录组与空间元素分布成像相融合的多维组学研究框架。 1. 论文基本信息 Title: Opportunities and challenges in the...
| 文献精读 | 宏观综述：Motivation for using data-driven algorithms in research: A review of machine learning solutions for image analysis of micrographs in neuroscience |
核心速递： 这篇文献提供了相关领域的方法或背景参考。
生理与分子机制
| 文献精读 | Nature重磅：调控SAUR基因促进花丝伸长，破解玉米抗旱稳产密码 |
核心速递 : 本研究成功克隆了控制玉米开花期抗旱性的关键QTL位点 qDR9，揭示了 ZmSAUR72 通过抑制 PP2C-D1 磷酸酶活性、激活质膜 H+-ATPase 以促进花丝细胞快速伸长的分子机制，为缩短干旱下的散粉-吐丝间隔（ASI）并实现抗旱稳产提供了关键基因靶点。
| 文献精读 | PNAS: 水稻籽粒发育与食味品质的关键镁外排转运蛋白OsMGR2 |
核心速递 : > 本文首次鉴定并确证了水稻质膜镁外排转运蛋白 OsMGR2 在水稻中的多重功能：它不仅介导了根到地上部的长距离镁转运，更在水稻“节（Node）”的维管束系统和颖果母体组织中发挥关键的“韧皮部-木质部”中转与卸载作用，直接决定了水稻籽粒的饱满度与最终食味品质。 1. 论文基本信息 ...
| 文献精读 | 玉米GT14家族糖基转移酶影响细胞壁组成与源叶碳水化合物输出 |
核心速递 : 本研究揭示了玉米高尔基体驻留的 GT14 家族基因 Cpd7 通过修饰 II 型阿拉伯半乳聚糖蛋白（AGPs）来维持韧皮部细胞壁的结晶纤维素沉积，其功能缺失会导致细胞壁力学结构受损并引发代偿性木质化，最终阻碍了蔗糖的系统性长距离运输。 1. 论文基本信息 Title: A maize...
| 文献精读 | 蔗糖代谢与转运调控水稻茎-粒生物量分配以提高产量 |
核心速递 : > 本研究揭示了高产水稻通过下调茎秆结构性碳水化合物（如纤维素）投资、优化维管束韧皮部结构并上调蔗糖代谢与转运网络，系统性重塑“源-库-流”碳分配途径，从而最大化同化物向籽粒卸载的核心生理与分子机制。 1. 论文基本信息 Title: Sucrose metabolism an...
| 文献精读 | 基因组学指导的优异等位基因聚合培育高产理想株型玉米 |
核心速递： 本研究揭示了玉米耐密植理想株型的关键在于纯合优异等位基因的积累，并通过全基因组关联分析（GWAS）和基因组学指导的靶向聚合，成功跨代改良了骨干杂交种，实现了高密度种植下产量的显著突破。 1. 论文基本信息 Title: Breeding ideotype maize with enha...
| 文献精读 | 缺氮条件下玉米花丝后的碳分配揭示了籽粒产量的库限制 |
核心速递 : 本研究突破性地证明了缺氮导致的玉米减产并非主要受限于叶片光合碳的输出受阻，而是由于发育中籽粒（库）对糖分的利用能力大幅下降，进而对源叶的光合作用与糖分输出产生了强烈的反馈抑制。 1. 论文基本信息 Title: Post-silking carbon partitioning und...
| 文献精读 | 光呼吸通过甲酸作为一碳源与DNA甲基化相联系 |
核心速递 : 本研究首次揭示了植物光呼吸过程中产生的甲酸能够直接进入细胞质的叶酸介导一碳代谢途径，为DNA甲基化提供关键碳源，从而在环境碳通量与表观遗传稳定性之间建立起了一座惊艳的代谢桥梁。 1. 论文基本信息 Title: Photorespiration is linked to DNA m...
| 文献精读 | 探索不同C4亚型中二氧化碳浓缩机制（CCM）的多样性 |
核心速递 : 通过高分辨率的稳定同位素13CO2脉冲-追踪标记与动态建模，本研究打破了教科书中关于C4植物脱羧亚型的“单线路径”刻板印象，首次在体内定量证实了苹果酸与天冬氨酸在所有C4亚型中均平行参与光合碳通量运输，揭示了植物代谢网络中高度的冗余性与稳健性。 1. 论文基本信息 Title: Ex...
| 文献精读 | ZmbZIP39协调玉米源-流-库关系以促进籽粒灌浆 |
核心速递 : 全局性表达的转录因子 ZmbZIP39 作为一个中枢协调器，通过直接调控光合作用（源）、蔗糖转运（流）以及蔗糖代谢和营养物质储存（库）相关靶基因，并与其他核心因子协同，系统性地提升了玉米的籽粒灌浆效率与产量 。
| 文献精读 | 植物代谢：Decoding plant specialized metabolism: new mechanistic insights |
核心速递： 这篇文献从植物代谢、发育或环境响应角度提供背景，有助于把分子机制放回组织和功能语境中。
| 文献精读 | 植物代谢：LeTra: a leaf tracking workflow based on convolutional neural networks and intersection over union |
核心速递： 这篇文献从植物代谢、发育或环境响应角度提供背景，有助于把分子机制放回组织和功能语境中。
| 文献精读 | 植物代谢：The Promises, Challenges, and Opportunities of Omics for Studying the Plant Holobiont |
核心速递： 这篇文献从植物代谢、发育或环境响应角度提供背景，有助于把分子机制放回组织和功能语境中。
| 文献精读 | 通过 Rubisco 大小亚基同步叶绿体转化改造植物光合作用与生长 |
核心速递：这项研究通过把 Rubisco 大小亚基表达统一到叶绿体基因组中，建立了在整株植物中测试同质 Rubisco 复合体的工程平台。
| 文献精读 | Rubisco 激活酶：适应酶修复任务的 AAA+ 伴侣蛋白 |
核心速递：Rubisco activase 通过 ATP 依赖的构象重塑修复被抑制的 Rubisco，使光合碳固定中的关键酶保持可工作状态。
| 文献精读 | 植物代谢：The Jasmonate-ZIM-Domain Proteins Interact with the WD-Repeat/bHLH/MYB Complexes to Regulate Jasmonate-Mediated Anthocyanin Accumulation and Trichome Initiation in Arabidopsis thaliana |
核心速递： 这篇文献从植物代谢、发育或环境响应角度提供背景，有助于把分子机制放回组织和功能语境中。
其他
| 文献精读 | 边缘参考：Quantifying the impact of dynamic plant-environment interactions on metabolic regulation |
核心速递： 这篇文献与单细胞主线关系较弱，但可作为跨领域方法或概念边界参考。
| 文献精读 | 边缘参考：Mapping single-cell data to reference atlases by transfer learning |
核心速递： 这篇文献与单细胞主线关系较弱，但可作为跨领域方法或概念边界参考。
| 文献精读 | 边缘参考：Plant PhysioSpace: a robust tool to compare stress response across plant species |
核心速递： 这篇文献与单细胞主线关系较弱，但可作为跨领域方法或概念边界参考。
| 文献精读 | 边缘参考：Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold |
核心速递： 这篇文献与单细胞主线关系较弱，但可作为跨领域方法或概念边界参考。
| 文献精读 | 边缘参考：Investigating the genetic architecture of noncognitive skills using GWAS-by-subtraction |
核心速递： 这篇文献与单细胞主线关系较弱，但可作为跨领域方法或概念边界参考。
| 文献精读 | 边缘参考：Large-Scale Multi-omic Analysis of COVID-19 Severity |
核心速递： 这篇文献与单细胞主线关系较弱，但可作为跨领域方法或概念边界参考。
AI蛋白设计
| 文献精读 | 用离散扩散模型缩短蛋白并尽量维持功能 |
核心速递： SCISOR 将蛋白缩短设计改写为“从随机插入噪声中学习删除”的离散扩散过程，使模型能在保持自然序列特征的同时规划多位点 deletion。