| 文献精读 | stVCR：基于生成式深度学习重构单细胞时空连续动力学 |
核心速递 : 本文突破性地提出了 stVCR 深度学习框架，巧妙融合了刚体变换对齐、不平衡最优传输与神经常微分方程，首次实现了对非配对空间转录组“快照”数据的连续时空动态（细胞状态演化、物理空间迁移与增殖凋亡）的“端到端”重构。
单细胞与空间组学
| 文献精读 | 空间转录组揭示光诱导绿色组织细胞在番茄愈伤组织再生中的核心作用 |
核心速递 : 本研究首次绘制了番茄愈伤组织芽再生的空间转录组图谱，打破了愈伤组织是“均质未分化团块”的传统认知，并揭示了光信号通过诱导局部绿色组织细胞发育，进而协同糖-TOR信号通路靶向驱动相邻芽原基发生的全空间分子调控机制。 1. 论文基本信息 Title: Spatial transcript...
| 文献精读 | 实验小鼠全身分子与细胞图谱绘制及机器视觉 LABEL 算法 |
核心速递 : 本研究结合创新的全视野 Array-seq 空间组学技术与包含 5900 万细胞的庞大单细胞参考集，构建了首个哺乳动物全景式空间转录组图谱；并以此为训练基础，开发出 LABEL 机器学习管线，实现了仅依靠常规 H&E 染色图像即可进行全自动、高精度的空间转录组级细胞类型推断。 1....
| 文献精读 | 跨物种植物单细胞分析：社区挑战与共享解决方案 |
核心速递 : 本文系统梳理了植物单细胞组学在数据降噪、跨物种注释、发育轨迹与基因调控网络（GRN）、空间可视化以及大模型智能体（AI Agents）全栈编排这五大方向的底层挑战与前沿算法解法，并发布了社区级资源中心 PlantSCHub。 1. 论文基本信息 Title: Cross-Specie...
| 文献精读 | 大麦颖果发育与萌发的四维空间转录组图谱 |
核心速递 : 本文通过连续切片结合时序采样，构建了首个大麦籽粒从发育到萌发全周期的高分辨率四维（3D空间+时间）表达图谱，以亚组织级分辨率揭示了代谢、能量与激素调控中极为复杂的空间异质性与斑驳分布模式。 1. 论文基本信息 Title: A four-dimensional spatial tra...
| 文献精读 | 空间转录组学数据的分析与可视化：从技术演进到核心算法的全景剖析 |
核心速递 : 本文系统性地梳理了空间转录组学实验技术的演进路线，并深度剖析了针对海量空间数据在表达域降维聚类、空间域挖掘、空间变异基因识别以及细胞通讯网络推断等维度的核心计算生态与底层算法逻辑。 1. 论文基本信息 Title: Analysis and visualization of spat...
| 文献精读 | 水稻8大器官单细胞多组学全景图谱与功能基因发掘 |
核心速递 : 本研究首次利用单细胞多组学技术（同时解析 RNA 与 ATAC）构建了水稻8大核心器官的高精度细胞图谱，打破了以往单模态数据的局限，通过在硅计算机拟（in silico perturbation）与共表达网络分析，成功挖掘并验证了协同碳氮代谢与根系发育的关键农艺基因，为禾本科作物的发育时空轨迹...
| 文献精读 | 连续空间转录组揭示玉米叶片发育的调控转换 |
核心速递 : 本研究深度优化了植物冷冻切片与 10x Visium 空间组学流程，首次高分辨率重构了玉米茎尖分生组织（SAM）至连续发育叶片的 3D 时空基因表达图谱，通过联合单细胞反褶积与时序网络，精准锚定了控制器官发生与细胞命运决定的转录因子级联模块。 1. 论文基本信息 Title: Ser...
| 文献精读 | 单细胞多组学图谱解锁细胞奥秘：大豆与水稻的里程碑研究 |
核心速递 : 本文深入剖析了大豆与水稻的两项里程碑式单细胞多组学研究，展示了如何通过“转录组+染色质可及性+空间组学”的多模态整合，精准破译驱动复杂农艺性状与细胞命运转化的特异性基因调控网络（GRNs）。 1. 论文基本信息 Title: Single cell multi-omics atla...
| 文献精读 | 引入单细胞时空组学测序技术（Stereo-seq）重塑植物转录组图谱 |
核心速递 : Stereo-seq 技术通过结合 DNA 纳米球（DNB）原位测序与单细胞转录组学，在无需原生质体分离的情况下，实现了纳米级分辨率的植物空间转录组分析，首次在复杂植物组织中成功解析了高度相似的细胞亚型和空间发育轨迹。 1. 论文基本信息 Title: Introducing si...
| 文献精读 | 空间与单细胞组学数据的新型整合揭示特发性肺纤维化发病机制 |
核心速递 : 本研究创新性地采用“Query”和“Overlap”纯统计学算法，跨越数据模态边界，将空间转录组/蛋白质组特征与单细胞转录组无缝对齐，精准定位了特发性肺纤维化（IPF）不同空间微环境中的驱动细胞群。 1. 论文基本信息 Title: Novel Integration of Spat...
| 文献精读 | 单细胞分辨率下的水稻根系转录全景图谱 |
核心速递 : 本研究首次构建了单子叶模式植物水稻根尖的高分辨率单细胞转录组图谱，定义了全新的细胞类型特异性 Marker 基因，并揭示了单双子叶植物在根部细胞命运决定和响应环境胁迫中的进化保守性与高度特异性分化。 1. 论文基本信息 Title: Transcriptional landscape...
| 文献精读 | 玉米茎尖分生组织花期过渡的动态及细胞类型特异性转录重编程 |
核心速递： 本研究结合时序Bulk RNA-seq、单细胞转录组（scRNA-seq）及表观遗传组学技术，首次以高时空分辨率解析了玉米茎尖分生组织在花期过渡过程中的转录重编程机制，揭示了由 ZmMADS69-ZmRap2.7-ZMM4 构成的精准调控环路及核心模块的细胞空间异质性。 1. 论文基本信息 ...
| 文献精读 | 空间转录组：From pixels to cell types: a comprehensive review of computational methods for spatial transcriptomics deconvolution |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | Nicheformer：打通单细胞与空间组学壁垒的多模态基础模型 |
核心速递 : Nicheformer 是首个基于 1.1 亿海量离体单细胞与空间转录组数据联合预训练的 Transformer 基础模型，它突破性地实现了仅依靠基因表达谱就能预测细胞的空间微环境，从而将丢失的“空间上下文”重新赋予传统的单细胞测序数据。 1. 论文基本信息 Title: Niche...
| 文献精读 | 空间转录组：Defining Keypoints to Align H&E Images and Xenium DAPI-Stained Images Automatically |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Distributionally Robust Receive Combining |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Recent progress in single-cell transcriptomic studies in plants |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Advancements in single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics: transforming biomedical research |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Profiling cell identity and tissue architecture with single-cell and spatial transcriptomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Harnessing Single-Cell and Spatial Transcriptomics for Crop Improvement |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Deconvolution of spatial transcriptomics data via graph contrastive learning and partial least square regression |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Chemical regulation of lignin spatial conformation for a multifunctional soft material with a novel energy dissipation mechanism |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Research Progress of Single-Cell Transcriptome Sequencing Technology in Plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：scPlantFormer: A Lightweight Foundation Model for Plant Single-Cell Omics Analysis |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：Fluorescence and Hyperspectral Sensors for Nondestructive Analysis and Prediction of Biophysical Compounds in the Green and Purple Leaves of Tradescantia Plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：A deep learning-based toolkit for 3D nuclei segmentation and quantitative analysis in cellular and tissue context |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：Advances in spatial transcriptomics and its applications in cancer research |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Optimizing deep learning-based segmentation of densely packed cells using cell surface markers |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Data normalization for addressing the challenges in the analysis of single-cell transcriptomic datasets |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 空间转录组：Spatial transcriptomics reveals segregation of tumor cell states in glioblastoma and marked immunosuppression within the perinecrotic niche |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Spatial landmark detection and tissue registration with deep learning |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：SpatialcoGCN: deconvolution and spatial information–aware simulation of spatial transcriptomics data via deep graph co-embedding |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Large Language Models and Foundation Models in Smart Agriculture: Basics, Opportunities, and Challenges |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：A multi-modal image fusion workflow incorporating MALDI imaging mass spectrometry and microscopy for the study of small pharmaceutical compounds |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Navigating the landscapes of spatial transcriptomics: How computational methods guide the way |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Challenges and perspectives in computational deconvolution of genomics data |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 单细胞标准化：scKWARN: Kernel-weighted-average robust normalization for single-cell RNA-seq data |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 空间转录组：Automatic 3D cell segmentation of fruit parenchyma tissue from X-ray micro CT images using deep learning |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：RNA Sequencing Technologies at the Single Cell Level in Plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：Resolving plant development in space and time with single-cell genomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Identification of Two Flip-Over Genes in Grass Family as Potential Signature of C4 Photosynthesis Evolution |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组学驱动植物研究新纪元 |
核心速递 : 本文系统性盘点了空间转录组（ST）技术在打破植物组织物理壁垒、实现原位单细胞类型鉴定及细胞间微环境通讯挖掘方面的重大突破，并指出了自适应植物特性的空间分割算法与多组学融合是未来的核心发力点。 1. 论文基本信息 Title: Spatial transcriptomics drive...
| 文献精读 | 空间转录组：Opportunities and challenges in the application of single-cell and spatial transcriptomics in plants |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Non−Invasive Assessment, Classification, and Prediction of Biophysical Parameters Using Reflectance Hyperspectroscopy |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 禾本科泛转录组揭示作物细胞分化模式 |
核心速递：这项研究通过整合玉米、高粱和 Setaria 的单细胞与单核转录组，构建了禾本科作物根细胞层面的 pan-transcriptome，并揭示了全基因组复制、细胞类型特异表达域扩张和基因模块迁移如何共同塑造作物细胞分化。
| 文献精读 | 植物单细胞：From single- to multi-omics: future research trends in medicinal plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：Hybrid AI model for estimating the canopy photosynthesis of eggplants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：Dissecting the spatial distribution of specialized metabolism at single-cell resolution |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Single-cell technologies: From research to application |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Applications of Artificial Intelligence in Climate-Resilient Smart-Crop Breeding |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 单细胞标准化：scGENA: A Single-Cell Gene Coexpression Network Analysis Framework for Clustering Cell Types and Revealing Biological Mechanisms |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 空间转录组：Robust decomposition of cell type mixtures in spatial transcriptomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Organizing your space: The potential for integrating spatial transcriptomics and 3D imaging data in plants |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 空间转录组：Deconvolution Tactics and Normalization in Renal Spatial Transcriptomics |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：PCMDB: a curated and comprehensive resource of plant cell markers |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Normalization by distributional resampling of high throughput single-cell RNA-sequencing data |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 植物单细胞：Single-cell transcriptome atlas of the leaf and root of rice seedlings |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：DSTG: deconvoluting spatial transcriptomics data through graph-based artificial intelligence |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Goals and approaches for each processing step for single-cell RNA sequencing data |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 植物单细胞：Present and future prospects for wheat improvement through genome editing and advanced technologies |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Non-linear Normalization for Non-UMI Single Cell RNA-Seq |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 植物单细胞：Cytokinin‐promoted secondary growth and nutrient storage in the perennial stem zone of Arabis alpina |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 植物单细胞：Single-Cell RNA Sequencing Efficiently Predicts Transcription Factor Targets in Plants |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 空间转录组：A machine learning algorithm for simulating immunohistochemistry: development of SOX10 virtual IHC and evaluation on primarily melanocytic neoplasms |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 植物单细胞：Accurate and versatile 3D segmentation of plant tissues at cellular resolution |
核心速递： 这篇文献展示了植物单细胞或空间组学如何推动细胞类型、发育过程和功能状态解析。
| 文献精读 | 空间转录组：Implicit Neural Representations with Periodic Activation Functions |
核心速递： 这篇文献围绕空间转录组的计算解析或应用展开，强调空间位置、细胞组成和组织结构需要联合解释。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Current best practices in single‐cell RNA‐seq analysis: a tutorial |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Performance Assessment and Selection of Normalization Procedures for Single-Cell RNA-Seq |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
| 文献精读 | 单细胞标准化：Deep generative modeling for single-cell transcriptomics |
核心速递： 这篇文献聚焦单细胞数据预处理，提醒研究者 normalization 和 transformation 会深刻影响下游结论。
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